Das Bayerische Landesamt für Steuern hat mit Verfügung vom 22. April 2026 umfassend zu umsatzsteuerrechtlichen Fragestellungen bei Hochschulen, Universitäten und Universitätsklinika Stellung genommen. Die Verfügung ist vor allem für staatliche Hochschulen, deren Körperschaftsbereiche, Universitätsklinika sowie Kooperationspartner relevant. Sie behandelt insbesondere die Frage, welchem Bereich Umsätze zuzurechnen sind und welche Folgen sich daraus für Steuererklärungen, Rechnungstellung und interne Leistungsbeziehungen ergeben.
1. Warum die umsatzsteuerliche Einordnung so schwierig ist
Staatliche Hochschulen in Bayern haben eine besondere rechtliche Doppelstruktur. Sie sind einerseits staatliche Einrichtungen und andererseits rechtsfähige Personalkörperschaften des öffentlichen Rechts. Diese Doppelstellung wird häufig als „Janusköpfigkeit“ bezeichnet. Umsatzsteuerlich ist deshalb entscheidend, ob die Hochschule im konkreten Fall als staatliche Einrichtung oder als Körperschaft des öffentlichen Rechts handelt.
Diese Unterscheidung ist nicht nur formal. Sie entscheidet darüber,
- wer umsatzsteuerlich als Unternehmer auftritt,
- welche Steuernummer oder Umsatzsteuer-Identifikationsnummer zu verwenden ist,
- wer Umsatzsteuer-Voranmeldungen und Jahreserklärungen abgeben muss,
- ob ein Leistungsaustausch vorliegt,
- und ob eine Rechnung ordnungsgemäß ausgestellt ist.
2. Maßgeblich ist der Außenauftritt
Nach der Verfügung richtet sich die Zuordnung von Ausgangs- und Eingangsumsätzen danach, in welcher Eigenschaft die Hochschule gegenüber Dritten im Rechts- und Wirtschaftsverkehr auftritt.
Tritt die Hochschule als staatliche Einrichtung auf, sind die Umsätze dem staatlichen Bereich zuzurechnen. Tritt sie dagegen als eigenständige Personalkörperschaft des öffentlichen Rechts auf, sind die Umsätze dem Körperschaftsbereich zuzuordnen. Die hochschulrechtlichen Vorgaben des BayHIG werden insoweit umsatzsteuerlich nachvollzogen.
Für die Praxis bedeutet das: Bereits bei Verträgen, Angeboten, Bewilligungen, Rechnungen und internen Abrechnungen muss klar dokumentiert werden, in welcher Funktion die Hochschule tätig wird.
3. Staatlicher Bereich oder Körperschaftsbereich?
Staatlicher Bereich
Dem staatlichen Bereich sind insbesondere Tätigkeiten zuzurechnen, bei denen die Hochschule auf staatliche Haushaltsmittel, staatliches Personal oder staatliche Wirtschaftsgüter zurückgreift. Dies betrifft nach der Verfügung regelmäßig auch Auftragsforschung und Drittmittelprojekte, wenn staatliche Mittel eingesetzt werden.
Auch Grundlagenforschung, bei der immaterielle Wirtschaftsgüter wie Patent- oder Designrechte entstehen können, ist grundsätzlich dem staatlichen Bereich zuzuordnen, wenn sie unter Einsatz staatlicher Mittel erfolgt. Einnahmen aus einer späteren Nutzungsüberlassung solcher Rechte sind dann ebenfalls dem staatlichen Bereich zuzurechnen.
Körperschaftsbereich
Der Körperschaftsbereich ist dagegen nur dann betroffen, wenn die Hochschule eigene Körperschaftsangelegenheiten wahrnimmt und ausschließlich eigenes Körperschaftsvermögen einsetzt. Das kann etwa bei der Überlassung von Grundbesitz, Gebäuden, Wäldern, Seen, Kunstgegenständen oder sonstigem Körperschaftsvermögen der Fall sein. In diesen Fällen muss die Hochschule nach außen als eigenständige Körperschaft des öffentlichen Rechts auftreten.
4. Umsatzsteuerliche Erfassung: Mindestens zwei Bereiche möglich
Besonders praxisrelevant ist die steuerliche Erfassung. Nach der Verfügung kann eine staatliche Hochschule sowohl als staatliche Einrichtung als auch als Körperschaftsbereich umsatzsteuerlich zu erfassen sein. Bei unternehmerischer Tätigkeit können daher mindestens zwei Steuernummern erforderlich sein. Für beide Bereiche können eigene Umsatzsteuer-Voranmeldungen und Umsatzsteuer-Jahreserklärungen abzugeben sein.
Für Universitätsklinika stellt das BayLfSt klar, dass diese eigenständig zu erfassen sind und eine eigene Steuernummer benötigen. Im Bereich der Hochschulmedizin wird es jedoch nicht beanstandet, wenn das Universitätsklinikum aufgrund gesetzlicher Verpflichtung ganz oder teilweise die Buchführung sowie die Erstellung und Abgabe der Umsatzsteuererklärungen für die Medizinische Fakultät übernimmt.
5. Dezentrale Organisationseinheiten nach § 18 Abs. 4f UStG
Die Verfügung weist außerdem auf die Möglichkeit hin, im staatlichen Bereich untergeordnete Organisationseinheiten zu bilden. Diese können unter bestimmten Voraussetzungen eigene steuerliche Rechte und Pflichten wahrnehmen und eigene Steuererklärungen abgeben.
Wichtig sind dabei mehrere Folgen:
- Abrechnungen zwischen getrennt veranlagten Organisationseinheiten desselben staatlichen Rechtsträgers sind grundsätzlich nicht steuerbare Innenumsätze.
- Umsatzsteuer-Voranmeldungen sind regelmäßig monatlich abzugeben.
- Die Kleinunternehmerregelung kann auf einzelne Organisationseinheiten nicht angewendet werden.
- Organisationseinheiten können auf Antrag eine eigene Umsatzsteuer-Identifikationsnummer erhalten.
Gerade Hochschulen mit vielen Fakultäten, Instituten, Forschungsbereichen oder wirtschaftlichen Teilbereichen sollten diese Struktur sorgfältig dokumentieren.
6. Leistungsaustausch innerhalb der Hochschule
Ein weiterer Schwerpunkt der Verfügung betrifft interne Leistungsbeziehungen. Umsatzsteuerlich setzt ein Leistungsaustausch voraus, dass ein Leistender, ein Leistungsempfänger und ein Entgelt vorliegen. Innerhalb desselben Rechtsträgers liegt grundsätzlich kein Leistungsaustausch vor.
Anders kann es jedoch sein, wenn der staatliche Bereich und der Körperschaftsbereich betroffen sind. Aufgrund der Doppelstruktur können insoweit zwei unterschiedliche umsatzsteuerliche Unternehmer vorliegen. Wird eine Leistung ausdrücklich berechnet, kann ein steuerbarer Leistungsaustausch entstehen.
Beispiel: Wird ein Labor an Dritte vermietet und das Entgelt teilweise an den Körperschaftsbereich weitergeleitet, kann zwischen staatlichem Bereich und Körperschaftsbereich ein steuerbarer Leistungsaustausch vorliegen.
7. Besondere Tätigkeiten im Hochschulbereich
Die Verfügung behandelt zahlreiche Einzelfälle. Besonders relevant sind:
Auftragsforschung und Drittmittelprojekte
Werden staatliche Haushaltsmittel eingesetzt, sind Einnahmen und Ausgaben regelmäßig dem staatlichen Bereich zuzurechnen. Nur wenn ausschließlich Körperschaftsmittel verwendet werden, kommt eine Zuordnung zum Körperschaftsbereich in Betracht.
Ethikkommissionen
Tätigkeiten medizinischer Ethikkommissionen können bei öffentlich-rechtlicher Handlungsform nicht der Umsatzsteuer unterliegen, wenn sie im Rahmen öffentlicher Gewalt ausgeübt werden.
Universitätsklinika
Die Zusammenarbeit zwischen Universitäten und Universitätsklinika kann in bestimmten Fällen nach § 2b Abs. 3 Nr. 1 UStG nicht steuerbar sein. Das betrifft insbesondere die Überlassung von wissenschaftlichem Personal, die Überlassung von Personal durch das Universitätsklinikum an die Universität und die Übernahme der Personal- und Wirtschaftsverwaltung der Medizinischen Fakultät durch das Universitätsklinikum.
Lehrkrankenhäuser und Kooperationskrankenhäuser
Leistungen im Zusammenhang mit Ausbildung und Lehre können unter den Voraussetzungen des § 4 Nr. 21 UStG steuerfrei sein. Forschungsleistungen können unter Umständen als unselbständige Nebenleistungen oder eng verbundene Umsätze ebenfalls steuerbefreit sein.
Hochschulbibliotheken
Bei Hochschulbibliotheken ist die praktische Umsetzung der Literaturversorgung regelmäßig dem staatlichen Bereich zuzurechnen, wenn staatliche Haushaltsmittel eingesetzt werden. Leistungen gegenüber hochschulinternen Nutzern stellen regelmäßig nicht steuerbare Innenumsätze dar.
Hochschulsport
Hochschulsport ist grundsätzlich dem staatlichen Bereich zuzurechnen, soweit die praktische Umsetzung unter Einsatz staatlicher Mittel erfolgt. Wird das Angebot unentgeltlich bereitgestellt, fehlt es regelmäßig an einer umsatzsteuerlichen Relevanz. Bei Teilnehmergebühren kann eine Steuerbefreiung nach § 4 Nr. 22 Buchst. b UStG in Betracht kommen.
8. Zuwendungen, Schenkungen und Vermächtnisse
Bei Zuwendungen an Hochschulen besteht nach der Verfügung kein strikter Zuordnungszwang. Vermögensübertragungen durch einseitige Verfügung von Todes wegen, etwa Vermächtnisse oder Stiftungsvermögen, erfolgen grundsätzlich an die Hochschule als Personalkörperschaft, sofern der Zuwendende nicht ausdrücklich etwas anderes bestimmt. Die Vermögensübertragung selbst ist mangels Entgeltlichkeit nicht umsatzsteuerlich relevant.
Bei zivil- oder schuldrechtlichen Vereinbarungen, etwa Schenkungsverträgen oder Erbverträgen, kann die Hochschule dagegen auch als staatliche Einrichtung auftreten. Dies muss gegenüber dem Vertragspartner entsprechend offengelegt werden.
9. Rechnungstellung: Klare Zuordnung erforderlich
Für Rechnungen gelten die allgemeinen Anforderungen der §§ 14, 14a UStG sowie der UStDV. Zusätzlich ist bei Hochschulen wegen ihrer Doppelstruktur darauf zu achten, für welches umsatzsteuerliche Unternehmen die Hochschule die Leistung erbringt oder empfängt.
Das BayLfSt stellt allerdings klar, dass an diese Angabe keine überzogenen Anforderungen zu stellen sind. Wird beispielsweise im Briefkopf „Hochschule“ oder „Universität“ sowie die jeweilige Umsatzsteuer-Identifikationsnummer genannt, kann dies für die Bezeichnung des Leistungsempfängers beim Leistungsbezug durch die Hochschule als staatliche Einrichtung ausreichend sein.
Für die Praxis bleibt dennoch wichtig: Vertragsrubrum, Rechnungsempfänger, Steuernummer und Umsatzsteuer-Identifikationsnummer sollten zueinander passen.
10. Zeitliche Anwendung und § 2b UStG
Die Grundsätze der Verfügung gelten für den staatlichen Bereich ab dem Zeitpunkt, ab dem § 2b UStG angewendet wird. Bis dahin enthält die Verfügung Nichtbeanstandungsregelungen, etwa wenn Umsatzsteuer beim jeweils anderen Rechtsträger erklärt wird oder Umsätze der Medizinischen Fakultät beim Universitätsklinikum miterklärt werden.
Für juristische Personen des öffentlichen Rechts ist außerdem die Übergangsregelung zu beachten. Nach der durch das Jahressteuergesetz 2024 verlängerten Übergangsregelung müssen juristische Personen des öffentlichen Rechts, die die Altregelung zulässigerweise weiter anwenden, grundsätzlich erst ab dem 1. Januar 2027 verpflichtend auf § 2b UStG umstellen.
11. Praxishinweise für Hochschulen und Universitätsklinika
Hochschulen, Universitätsklinika und deren Kooperationspartner sollten die Verfügung zum Anlass nehmen, bestehende Abläufe zu überprüfen. Besonders wichtig sind:
- Vertragsprüfung
Jeder Vertrag sollte eindeutig erkennen lassen, ob die Hochschule als staatliche Einrichtung oder als Körperschaft des öffentlichen Rechts handelt. - Rechnungsprüfung
Rechnungsempfänger, Steuernummer, Umsatzsteuer-Identifikationsnummer und Leistungsbereich müssen zusammenpassen. - Zuordnung der Einnahmen und Ausgaben
Ausgangs- und Eingangsumsätze sollten systematisch dem staatlichen Bereich, dem Körperschaftsbereich oder dem Universitätsklinikum zugeordnet werden. - Interne Leistungsverrechnungen
Interne Abrechnungen sollten darauf geprüft werden, ob lediglich ein nicht steuerbarer Innenumsatz oder ein steuerbarer Leistungsaustausch vorliegt. - Forschung und Drittmittel
Bei Auftragsforschung und Drittmittelprojekten sollte dokumentiert werden, welche Mittel eingesetzt werden und wer im Außenverhältnis als Leistender auftritt. - Vorbereitung auf § 2b UStG
Die verbleibende Übergangszeit sollte genutzt werden, um Vertragsmanagement, Buchhaltung, Steuerdeklaration und Tax-Compliance-Prozesse anzupassen.
Fazit
Die Verfügung des Bayerischen Landesamts für Steuern bringt wichtige Klarstellungen für die Umsatzbesteuerung von Hochschulen, Universitäten und Universitätsklinika. Im Mittelpunkt steht die Frage, ob die Hochschule im konkreten Fall als staatliche Einrichtung oder als Körperschaft des öffentlichen Rechts handelt.
Für die Praxis bedeutet dies: Eine saubere steuerliche Zuordnung beginnt nicht erst in der Buchhaltung, sondern bereits bei Vertragsschluss, Rechnungstellung und interner Organisation. Hochschulen und Universitätsklinika sollten ihre Prozesse daher rechtzeitig überprüfen und dokumentieren, um Fehler bei Umsatzsteuer, Vorsteuerabzug und Steuererklärungen zu vermeiden.