Daneben eignet sich die gewerblich geprägte GmbH & Co. KG auch zur Gestaltung der Unternehmensnachfolge bei einer Betriebsaufspaltung. Um vor allem die personelle Verflechtung bei der Betriebs-Kapitalgesellschaft nicht zu zerstören, müssen grundsätzlich die wesentlichen Betriebsgrundlagen sowie die Anteile an der Betriebs-Kapitalgesellschaft synchron auf die nächste Generation erfolgen. Während eine isolierte Übertragung von Anteilen an der Betriebs-Kapitalgesellschaft in einem Umfang, mit dem die Mehrheitsverhältnisse nicht beeinträchtigt werden, zwar möglich ist, aber eine Entnahme der Anteile mit Versteuerung der stillen Reserven auslöst, führt die mehrheitliche Übertragung der Anteile an der Betriebs-Kapitalgesellschaft – ohne gleichzeitige Übertragung von Teilen der wesentlichen Betriebsgrundlagen – zur Auflösung der Betriebsaufspaltung. Wird jedoch z. B. das Besitzunternehmen – gegebenenfalls einschließlich der Anteile an der Betriebs-Kapitalgesellschaft – steuerneutral nach § 24 UmwStG in das Gesamthandsvermögen einer GmbH & Co. KG eingebracht, können die Anteile an der GmbH & Co. KG sukzessive in gewünschtem Umfang auf die Unternehmensnachfolger übertragen werden, ohne dass die Betriebsaufspaltung ungewollt aufgelöst wird.